崇祯年间，朝廷内忧外患，百姓流离失所。就在这节骨眼儿，皇上忽然接到急报，前往陈州查“蟒人刺青案”的名捕展云飞被蟒人杀害了。
原来，数月前，陈州的一些百姓在田间耕作或在街上行走时，遭到蟒人袭击。据报，这些蟒人体型比成年男子略高，浑身长满蟒蛇鳞片，速度奇快，见人便咬。受袭百姓当场毙命，身上均有半指深的锥状齿痕，和“明亡清升”的恐怖刺青。几日前，展云飞带人前去调查此案，谁料竟也遇害。听到如此诡异之事，皇上震怒之余，也不免担心。
名捕燕十三是展云飞的同门师兄，得知师弟遭此横祸，既震惊又痛心，当即向皇上请缨。皇上立刻下旨，让他前去查清此事。
燕十三一到陈州，听说遇难者尸体存在停尸房，便让陈州知府宋忠廷带他去验尸，果然发现死者身上有齿痕和字迹。燕十三出了停尸房，来到后衙边歇息边琢磨案情。忽然有衙役跑来报案说，街上刚刚又发生了蟒人杀人案。燕十三一怔，急忙和宋知府随衙役赶到了案发现场。死者鲜血淋漓，胸口尚有余热，指甲缝中还嵌着与蟒人搏斗时抓下的鳞片。
燕十三取下来一看，果然是蟒蛇的鳞片。就在这时，远方忽然传来怪叫，燕十三跑去一看，街口正有数名蟒人在围攻一名老妇人。等燕十三带着捕快冲过去时，老妇人已经流血过多而死。这伙蟒人像是英勇的士兵，队列整齐，一人发出号令后，其余蟒人跟在其后奔跑有序。燕十三一路追踪，来到一片竹林时，那些蟒人已不见踪迹。
燕十三和宋知府各领一队兵马，向东西两个方向寻找。燕十三正带着队伍寻觅时，只听“嗖”的一声，一条绊马索从竹林中突然袭来，幸亏他随身带着一柄利剑，将索斩断。燕十三刚逃过绊马索，一支支箭又向他飞来，燕十三忙挥剑劈箭，但胳膊还是被射中了。燕十三与宋知府会和后不久，那群蟒人便停止进攻，撤离此处。
燕十三回到府衙，仔细打量刺在他胳膊上的那支箭，箭头为铁制，明显用于实战；回想起蟒人所用的弓，弓身似乎比常见的弓长些。联想今天发生的事，燕十三不由得一怔，似乎想到了什么。于是燕十三来到宋知府房间，说他有了重大发现。宋知府问有何发现，燕十三说：“蟒人在竹林中来去自如，可见对该地地形甚为熟悉，并且他们逃离后不久便不见了踪迹，想必就藏身于竹林后的万福山中……”宋知府想了想，觉得有可能，问燕十三有何打算。
燕十三说：“他们刚闹完事，想必正在巢中，我们给他来个强兵压阵，到时蟒人刺青案便可破获！”宋知府担心深入蟒人巢穴会中了埋伏，可燕十三态度坚决，宋知府也只好听从。但当宋知府带了兵丁准备出发时，却发现燕十三不见了，正欲外出寻找，燕十三捂着肚子已回，说：“刚才我腹痛难忍，可能是水土不服……”
宋知府问计划可否继续进行，燕十三说：“区区小病，怎能坏了大计？”于是，他们带上兵马一起赶往万福山。万福山地界不大，不久，士兵们就把山寻遍了，蟒人虽没有发现，却在几个山洞中发现了做饭用的炊具和一些干粮。燕十三只好带着人先行离开，待日后再做打算。
几天过去，一直无蟒人的消息。这天，宋知府说陈州城外的吉祥庵求儿求女很灵验。燕十三没有子女，决定去拜拜，顺便祈求早日破获蟒人刺青案。宋知府安排他上午去，因身体不适，燕十三选择下午再去。下午时，燕十三和随从拿着香烛前去吉祥庵，行至半途，伴着一阵怪叫，一群蟒人突然举刀杀来，足有百人。就在这时，燕十三忽地吹了一声口哨，众人还没回过神来，从蟒人对面方向的丛林中突然杀出几百号士兵，与蟒人厮杀在一处。燕十三拔出腰间的长剑，抵在了宋知府的脖颈上。
在士兵的攻击下，蟒人大半倒在了地上，剩下的小半身负重伤，被士兵擒住。燕十三让随从将宋知府控制住，然后走到蟒人身边，一下就撕掉了蟒人脸上的大部分鳞片，一张成人面孔赫然出现在众人眼前。燕十三指给宋知府看，说：“蟒人这种东西我想是绝不会存在的，你没有想到我会派人监视你，然后挖出你的底细吧？”宋知府大呼冤枉，燕十三说：“蟒人所用的弓与清兵的战弓无二，中原人怎会有这种弓？况且这些蟒人比中原男子高，步幅大，队形整齐，像极了受过训练的清兵，因此我断定这些蟒人就是清兵扮的。他们传递明亡清升的信号，就是想使人心涣散，以便清兵早日入关。这些刺青和死者身上的‘齿痕’一样，千篇一律，定有某种模具。”随从一搜，果然在蟒人身上发现了刻有“明亡清升”字迹的模具，和一种特殊的锥样兵器。
“就算他们是清兵，与我又有何关系？”宋知府喊道。燕十三冷冷地说：“那日我们追捕蟒人时，你选择西路，把东路让与我，而我恰遇蟒人。这点也说得过去，可蟒人射中我，我逃离时与你相遇，蟒人为何单单射我而不射你？于是我决定试试你，果然不出所料，你得知我要围剿蟒人后，果真趁派兵之际找了心腹去万福山给蟒人报信。
这一切都被我看到了——那日我假装腹痛，就是在跟踪你。你的手下去万福山不久，蟒人便集体逃离了，我们才扑了个空。你今日早上对我突然说起吉祥庵求子如何灵验，其目的就是诱惑我去烧香然后加害于我，我谎称身体不适下午才去上香，上午已悄悄调兵在此处埋伏，果然我们行至此遭遇蟒人围攻……”听到这些，宋知府哈哈大笑起来：“京城名捕果然名不虚传，可惜皇帝昏庸，大明早晚要亡！”
听了这话，燕十三喝问他身为大明官员，为何要当卖国贼。“当今皇帝听信宦官谗言，致使我全家被斩，我有幸不死，还捐了个官，这种江山不推翻还有天理吗？”宋知府悲愤地喊道。燕十三正感慨间，忽然宋知府将脖子往剑刃上一抹，一命呜呼了。