前去剿灭音忍者村的木叶忍者部队以及马基、我爱罗、手鞠、勘九郎一同回到木叶村，马基知道让砂忍者部队到木叶村门前是一个很不好的信号，就让他们回去砂忍者村，而自己带着弟子们过来与火影交谈
纲手对砂忍者村这次的协助表示感谢，希望日后两个国家之间能继续维持这友好的关系，马基求之不得，对于如今的砂忍者村而言，得到木叶这个盟友是最佳的选择，至于会不会再度成仇，则要看以后
商谈一会，马基不欲久留，向纲手告辞，纲手亲自送他们到村门口，笑道：“一路小心。”目送四人离去。
之后，纲手在火影直属的暗部里挑选出几支队伍，命他们前往田之国调查音忍者村是否有大蛇丸暗中隐藏起来的实验室，如有发现，便将里面的所有资料、有价值的东西一并带回木叶忍者村。
暗部领命离去，二月二十七日，田之国正式宣布音忍者村在国内除名，表示他们是遭到大蛇丸的蒙骗，音忍者村所进行的一系列行为都与田之国无关，同时感谢木叶忍者村以及砂忍者村的拨乱反正，让田之国脱离大蛇丸的阴谋之中。
各国得到田之国的声明，对于音忍者村会有这种下场，他们心里也有数，而纲手的接连两次军事行动也无疑震慑到土之国和雷之国，让他们明白纲手并不是复位之后显得优柔寡断的三代火影，这也是纲手的目的，为五大国之间的平衡又打上了一剂强心剂。
次日，暗部将在音忍者村内搜集的东西带回木叶忍者村，交到纲手的面前，纲手让几位顾问一同过来验看，大蛇丸走的时候很从容，有价值的东西一个也不剩，剩下的都是在他看来无价值的
然而这些无价值的东西也是让在场的众人大开眼界，大蛇丸为研究长生之术，在生物领域的研究十分深入，即使是这些过时的资料，对于木叶忍者村也是十分难得，在医疗部里必然会有极大的帮助。
猿飞日斩叹了一口气，说道：“真没想到大蛇丸会在这方面研究到这种地步，光是获得这些数据，恐怕就不知道进行过多少人体实验吧。”
水户门炎道：“大蛇丸这个人确实有才华，但他却把这份才能用在对付木叶上，这次甚至都要带走宇智波佐助，猿飞，不得不说你当年真的是做错了。”
猿飞日斩苦笑一声，无法反驳。
纲手细细把每份资料都看过，说道：“可惜，里面没有关于咒印的研究资料，要是有的话，或许就能解决宇智波佐助和御手洗红豆身上的问题。”
转寝小春道：“说起来，宇智波佐助的状况如何？”
纲手回答道：“您放心，宇智波佐助的身体恢复状况很好，没有出现什么问题。”
转寝小春微微点头，说道：“这次宇智波佐助的表现很好，在面对大蛇丸的诱惑，能坚守作为一个木叶忍者的责任，没有选择投靠到大蛇丸身边，作为一个宇智波家族的后裔而言，也是难得可贵。”
只要是忠心于木叶忍者村的人，转寝小春和水户门炎都会表达出自己的信任，虽然是有过叛逆前科的宇智波家族后裔，但在这种情况下都能坚持自己，两人也不得不承认宇智波佐助是真的心属木叶，至少目前是如此
纲手问道：“既然如此，那两位对于宇智波佐助加入到暗部里的事，是否还有异议呢？”
两人面面相觑，沉默片刻，水户门炎道：“随你，只不过对于宇智波佐助的行动还是要多多关注。”
纲手道：“这是自然。”
猿飞日斩见两个同伴在宇智波佐助的事情上松了口，心里也是一宽，他对鼬的牺牲很是叹息，对于鼬唯一的弟弟，他也希望佐助能在木叶里安心生活，慢慢成长，日后的宇智波家族也会有复兴的机会。
纲手道：“这些资料里对医疗有用的部分交给医疗部，其他的则到暗部里封存起来，没有问题吧？”见顾问点了点头，便把资料整理好放到一边，又道：“接下来就来商议一下对竹取家族的安排”
就在纲手与顾问们商议政事时，曾经也是其中一员的团藏正坐在他的房间里，他的面前放着一副卷轴，他单手握着笔轻轻在上面写着字，良久，长吐出一口气，把笔放到一边，对着身后不知何时出现的一位黑袍男子道：“有找到东西吗？”
那位黑袍男子脸上带着面具，正是暗部制式的，那人恭恭敬敬道：“团藏大人，大蛇丸留下来的一些资料确实带来了。”明明是火影直属暗部，却称呼团藏为大人，语气甚至恭敬。
团藏微微点头，转过身来，道：“拿过来吧。”
“是。”那位暗部成员应了一声，将三份卷轴呈到团藏的面前，随即继续跪在团藏的面前，一言不发。
这位暗部成员的真实身份便是过去根组织的忍者，三代火影猿飞日斩当年罢免团藏的顾问职务，令根组织解散，将成员编入暗部组织，实际上，这些根部忍者依然忠心于团藏，暗中为团藏服务。
战国时代的忍者对于自己的主君十分忠心，只要主君一声令下，忍者便会将自己的全部奉献出去，他们不需要感情、不需要自我，只需要听从主君的命令，为此他们将不惜付出一切，这是战国时代忍者的黑暗之处
一代火影建立木叶忍者村之后，火之意志的传承令木叶忍者这个职业逐渐从黑暗里走出来，虽然依旧留有过去忍者的一些习俗，但为他人着想的、保护他人的新思想也在年轻的忍者身上萌芽生长
然而对于一个忍者村而言，强大的力量是必须的，因此那些旧时代的忍者也同样不会消失，他们转而以另一种形式出现在忍者村里，那便是暗部，而在这其中更甚的就是根组织，火影直属暗部虽然有着黑暗的行动习惯，但他们的思想也逐渐受到火之意志的影响，但根组织却是完全按照战国时代的方式去训练的，在根的心目中，团藏才是一切，只要团藏下令，就算让他们去暗杀火影，他们也不会感到半点困惑，而会坚定不移地去执行
猿飞日斩后来也意识到根组织已经成为只属于团藏一个人的私人武装力量，但为时已晚，他只能尽力把根组织的影响给降到最低，通过分别编入暗部小队的形式，让其他暗部成员监视其行动，防止聚众作乱。
可即使如此，似乎也未能完全防止根组织的私自行动，在纲手派往音忍者村的暗部当中，就有根组织的成员，得到团藏的吩咐和建议，他们找到连暗部都未能发现的大蛇丸留下的隐秘资料，暗中带回村子交给团藏。
团藏跟大蛇丸交往多年，对彼此的性格都了解颇深，对方会采取什么样的行动，心里有数，所以团藏才能猜出大蛇丸可能会留有隐秘资料的地方，他把身边的卷轴拿起来展开，逐个看起来。
良久，他慢慢放下卷轴，喃喃道：“大蛇丸，你真的是一个天才，既然这些资料你也不用了，那也就让老夫好好使用一下吧。”